Ben Tennyson, 10 anni, torna dalle vacanze estive alla sua vita quotidiana e subito si ritrova impelagato in mille problemi: umiliato dal suo maestro, molestato dai bulli e con un omnitrix fuori uso. Per allontanarsi dai problemi Ben decide di seguire un nuovo programma di formazione, che prevede un’immersione totale nella forma aliena. Ma una volta trasformatosi in alieno non potrà mai più riprendere la sua forma umana.. e questo non sembra saperlo. Tanto che tornato sulla Terra e bloccato nella sua forma extraterrestre, viene preso di mira da un nuovo malvagio personaggio, Mechamorph Warrior, contro il quale dovrà affrontare una dura battaglia.