Magneto (Ian Mckellen) è relegato nella prigione di plastica, ma le minacce per la sicurezza degli X-Men non sono finite. Un mutante sembra macchiarsi di un crimine gravissimo; l’attentato alla vita del presidente degli Stati Uniti. Quell’uomo è Kurt Wagner (Alan Cumming), alias Nightcrawler. L’attentato scatena una campagna persecutoria nei confronti degli X-Men; il generale Striker viene incaricato di colpire il male alla radice e prepara in imboscata alla scuola speciale del dottor Xavier (Patrick Stewart).